故事以高仓家三兄妹为中心而展开，高仓冠叶（木村昴  配音）、高仓晶马（木村良平 配音）兄弟俩和患有绝症的妹妹高仓阳毬（ 荒川美穂 配音）。
　　有妹控情结的高仓兄弟俩都非常珍视阳毬，然而医生却让他们做好随时失去妹妹的准备。这天兄妹三人一同去水族馆游玩，可是一转眼兄弟二人发现妹妹不见了，随后他们在围观人群中央发现倒地不醒的阳毬。抢救无效被宣布死亡的阳毬竟然在停尸房里醒过来了！惊讶无比的兄弟俩把妹妹接回家，不久后他们收到了一份奇怪的包裹，打开后竟然发现里面有三只谜样企鹅。这三只企鹅憨态可掬，除了他们，外人都看不见这些企鹅。这一切究竟是怎么回事，命运的齿轮又会如何转动？

　　在偏远的兽国窝窝乡，蛮吉（刘婧荦 配音）和蛮大人（王凯 配音）这两个“独行族妖侠”，整天为了取得象征着成功和光荣的“妖侠纹耀”而刻苦修炼“脉术”，却把他们所生活的“窝窝乡”弄得鸡犬不宁，村民们绞尽脑汁想把他们赶走。一天，消灭魁拔的征兵令突然传到窝窝乡，村民们惊愕之余，村长（李立宏 配音）趁机忽悠蛮大人和蛮吉从军参战。
　　然而，在这个一切都以“纹耀”来说话的世间，仅凭蛮大人现有的一块杂牌纹耀，不要说参军，就连住店的资格都没有。因此在树国客栈，受尽歧视的蛮吉和蛮大人决定，混上那艘即将启程去消灭魁拔的巨型战舰——曲境一号，直接去挑战魁拔，用热血获取至高的荣誉。
　　绿叶港码头，龙国妖侠卡拉肖克•潘（张杰 配音）被军官（张震 配音）责打羞辱却不敢还手。已经和蛮大人成功混上战舰的蛮吉挺身而出，替潘打抱不平却受到了粗暴打压。正当蛮吉陷入挣扎与绝望时，巨大的魁拔脉兽突然出现并将蛮吉“吞噬”……

　　近卫昂（井口裕香 配音）家世世代代都作为凉月家的管家而存在，以此与凉月家族形成了深厚的羁绊。可是，管家的职位只能由男子担当，为了延续祖先的传统，近卫昂女扮男装隐藏身份，成为了大小姐凉月奏（喜多村英梨 配音）的管家。
　　坂町近次郎是一个普通的男生，由于童年的遭遇，长大后的次郎开始变得无法从容的面对女性，这一现象一般被称为“女性恐惧症”。由于这种特质，次郎发现了近卫昂的秘密，为了掩盖事实，凉月奏以治疗其恐惧症为条件，要求次郎保守这个秘密。从此，在害怕女性的次郎身边，开始出没大量外形可爱性格活泼的女生，次郎快乐的校园生活正式开始！

　　表面上看来，东云名乃（古谷静佳 配音）是一个外表可爱又有点天然呆的黑发女孩，可是，她背后醒目的发条暴露了她的真实身份——由博士（今野宏美 配音）所改造的少女机器人。虽然对于自己背后的发条感到十分自卑，但博士总是以其非常可爱为由拒绝帮助名乃进行改造。
　　在名乃就读的1年纪Q班中，汇聚着名乃的诸多好友们——个性过于活泼以至于经常暴走的相生祐子（本多真梨子 配音），常常陷于对同性恋情的幻想之中的美术型女生长野原美绪（相泽舞 配音），以及外表沉默安静内里腹黑毒舌的三好学生水上麻衣（富樫美铃 配音）。就这样，经常处于脱线状态的日常和激烈的吐槽在这三人之间展开了。

　　平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。
　　魔法少女是这个世界中一种特殊的存在，她们肩负着和魔女战斗的使命，作为报酬，丘比可以实现她们任意的一个愿望。在战斗的过程中，小圆发现魔法少女这个职业并非故事里所描绘的那么美好，随时有着牺牲的可能。并且，随着战斗的升级，一个关乎于她自己的残酷真相正在逐步的浮出水面。

　　留着黑长发、浑身散发着阴森气息、被称为“贞子”的高中少女黑沼爽子（能登麻美子 配音），在爽朗少年风早翔太（浪川大辅 配音）的帮助下，她不仅交到了两个好朋友矢野绫音（泽城美雪 配音）和吉田千鹤（三瓶由布子 配音），本性善良温柔的她也开始慢慢融入了班集体。第一季中，她已经开始 意识到自己喜欢风早，生性腼腆胆小的她却迟迟不敢向风早告白。
　　第二季的故事从一份没有送出去的情人节礼物开始，迎来新学期的爽子和风早，能否勇敢面对彼此之间的感情？升入二年级的他们，还迎来了一位新同学三浦健人。爽子、风早、绫音、千鹤和龙也，由他们谱写的校园纯爱故事，在第二季中延续着……
　　本动画改编自椎名轻穗同名漫画作品。原作现正在别册玛格丽特上连载，是单行本销售总数已突破1000万部的超人气少女向作品。